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Das Museum beherbergt eine historische und eine naturhistorische Abteilung, welche von zwei Konservatoren betreut werden.
Historische Abteilung: Diese umfasst im Wesentlichen den Nordsaal mit der Ur- und Frühgeschichte, das Ringiermuseum, das Zofingiamuseum, das Monetarium, die Grabfunde aus Alemannengräbern, das Wehrwesen sowie das Wasserrad am Mühletych (Aussenobjekt).
Naturhistorische Abteilung: Diese umfasst verschiedene umfangreiche Naturaliensammlungen, sowie die Sammlung von Hermann Fischer-Siegwart (1842-1925), des ersten Konservators des Museums.